Oberstes politisches Organ der Gemeinde Frauenkappelen ist die Gemeindeversammlung. Rechnungsprüfungsorgan, Gemeinderat, Bau- und Verkehrskommission und die Kindergarten- und Primarschulkommission werden im Majorzsystem durch die Gemeindeversammlung gewählt.
Für die Bearbeitung von einzelnen Geschäften setzt der Gemeinderat nicht ständige Kommissionen oder Arbeitsgruppen ein.